A just-in-time (JIT) előállítási stratégia előnyei jól dokumentáltak, de ennek komoly hátrányai is lehetnek. Ennek a gyártási folyamatnak a fő problémáját a neve neve bizonyítja. A "pontosan az időben" azt jelenti, hogy ennek az üzleti stratégiának a sikere nagymértékben függ a vállalkozások és beszállítóik közötti pontos koordinációtól a gyors szállítás biztosítása érdekében. Mivel nincs készlet-puffer, az üzletek nagymértékben szenvedhetnek, ha a gyártás bármely elemét késik.
A JIT termelési stratégiája azt jelenti, hogy a vállalkozások csak akkor gyártanak eladásra szánt tételeket, amíg azokat az ügyfelek megrendelik, azaz a készlet alacsony vagy hiányos. Noha az alacsony készlet sok szempontból előnyös lehet a társaság alsó sorában, az üzleti ilyen irányítás sok koordinációt igényel. A gyártáshoz szükséges alapanyagok beszerzésétől az időben történő kiszállításig, a JIT gyártásának minden szempontját szinkronizálni kell. Ez gyakran azt jelenti, hogy a vállalkozásoknak befektetniük kell az információs technológia megvalósításába annak érdekében, hogy a beszállítók automatikusan értesítsék a megrendeléseket.
A szokásos készlet-alapú gyártási modellekben a vállalkozások nagy megrendeléseket tesznek nagykereskedőktől, és sok termék előállítható egy szállítmányból. Mivel a termelés kimeríti az első nyersanyag-szállítást, újabb megrendelés érkezik, ami kényelmes időpuffert hoz létre. Igény szerint történő gyártás azt jelenti, hogy a vállalatoknak olyan beszállítókat kell találniuk, amelyek hajlandóak rövid, rövid időn belül teljesíteni a kis, gyakori megrendeléseket, ami gyakran azt jelenti, hogy a helyi szállítókat igénybe veszik a szállítási idő és költségek csökkentése érdekében. A készlet vagy anyag visszamenőleges készlete nélkül bármilyen ellátási lánc kérdése szállítási késedelmet és dühös ügyfeleket okozhat. A nyersanyagok árának hirtelen emelkedése az anyagbeszerzés, a hiány, a természeti katasztrófa vagy a politikai forradalom (úgynevezett ellátási sokk) miatt szintén komoly fenyegetést jelenthet a vállalat azon képességére, hogy hatékonyan kiszolgálja ügyfeleit.
Mivel a JIT gyártása teljes egészében a meglévő megrendelésekre épül, nem a leghatékonyabb rendszer a váratlan esetek kezelésére. Előfordulhat, hogy egy stratégiát alkalmazó vállalat nem rendelkezik megfelelő felszereléssel ahhoz, hogy kezelje a termék iránti hirtelen igényt. A tartalék készlet hiánya azt jelenti, hogy az ügyfeleknek várniuk kell arra, hogy a vállalat megkapja a készleteket és elkészítse a terméket. Ez hosszabb késéseket, elégedetlen vásárlókat és a megrendelések egy részének esetleges elvesztését jelentheti, ha bármilyen ellátási lánc kérdése merül fel.
A nagy megrendelések időben történő teljesítésének elmaradása üzleti pénzbe kerülhet, de vannak olyan rejtett kiadások is, amelyek a közös nyomozócsoport stratégiájához tartoznak, ugyanolyan fontosak, de kevésbé drámák. Az áruk kisebb mennyiségben történő előállítása azt jelenti, hogy kevesebbet költenek nyersanyag-szállítmányonként, de ez valójában több költséget jelenthet egy vállalat számára. A magas termelési szintű vállalkozások részesülnek a méretgazdaságosságból: a termelés növekedésével az egyes termékek előállításának átlagos költségei ténylegesen csökkennek. Ennek részben az az oka, hogy a nagykereskedelmi vásárlásokhoz gyakran nagyvonalú mennyiség-alapú kedvezmények vonatkoznak. A JIT termelési stratégiát alkalmazó vállalkozások esetleg többet fizetnek tételenként, mert kisebb, gyakoribb megrendeléseket kell készíteniük, amelyek nem felelnek meg az ilyen típusú árengedményeknek. A gyakori megrendeléssel járó további szállítási és szállítási díjak szintén jelentős hatással lehetnek az alsó sorra, valamint a környezetre.
